In Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls wird Komaru Naegi, die kleine Schwester von Makoto Naegi, seit über einem Jahr in einem mysteriösen Appartement gefangengehalten. Komaru entdeckt bald, dass die Stadt von einer Gruppe von Kindern übernommen wurde, die sich Warriors of Hope nennen und mit dem psychopathischen Monokuma paktieren. Mithilfe von Toko liegt es nun an ihnen dem Chaos ein Ende zu bereiten und die dunklen Geheimnisse der Stadt zu lüften