In Digimon Story: Cyber Sleuth Hacker's Memory muss Keisuke Amazawa in die digitale Welt abtauchen um seine Unschuld beweisen, nachdem er eines Verbrechen verdächtigt wird, dass er nicht begangen hat - auch wenn er dabei einer Hackertruppe helfen muss, Bedrohungen in dem mysteriösen Universum abzuwenden. Zwischen der realen und digital Welt liegt die Wahrheit.