In Dungeons 3 bemächtigt sich das machthungrige Böse der Dunkelelfenpriesterin Thalya, die seine Kreaturen in den Kampf gegen das Gute führen soll, während es selbst bequem vom heimischen Dungeon aus die Strippen zieht. Mit Thalya an der Spitze und der geballten Macht des Bösen als Unterstützung machen sich Dungeon-Architekten auf, die Welt im Namen des dunklen Lords zu erobern.