In Dungeons 3 bemächtigt sich das machthungrige Böse der Dunkelelfenpriesterin Thalya, die seine Kreaturen in den Kampf gegen das Gute führen soll, während es selbst bequem vom heimischen Dungeon aus die Strippen zieht. Mit Thalya an der Spitze und der geballten Macht des Bösen als Unterstützung machen sich Dungeon-Architekten auf, die Welt im Namen des dunklen Lords zu erobern.

Zehn Jahre sind nach dem Vorfall in Raccoon City vergangen. Der Präsident der Vereinigten Staaten entschließt sich dazu, die Wahrheit ans Licht zu bringen in dem Glauben, auf diese Weise das aktuelle Aufleben des Bioterrorismus einzudämmen. Eigentlich sollte ihm der persönliche Freund des Präsidenten, Leon S. Kennedy, zur Seite stehen.

Doch nach einem bioterroristischen Angriff auf den Tagungsort steht er einem Präsidenten gegenüber, der bis zur Unkenntlichkeit entstellt ist - Leon muss die schwerste Entscheidung seines Lebens treffen. Zur gleichen Zeit erreicht Chris Redfield, seines Zeichens Mitglied der Bioterrorism Security Assessment Alliance, die Republik China und steht der Gefahr eines Bioterror-Angriffs gegenüber. Keine Nation scheint mehr sicher vor einem Anschlag und den darauf folgenden Ausbrüchen: die ganze Weltbevölkerung eint die gemeinsame Angst, dass es keine Hoffnung mehr gibt.