700 Jahre vor den Ereignissen aus Ys I & II standen das Reich von Ys kurz vor der Vernichtung.Schnell wurde eine Gruppe von Rittern und Magiern zusammengestellt und an die Oberfläche entsandt, in der Hoffnung die flüchtigen Gottheiten wieder zur Rückkehr bewegen zu können. Unter ihnen war der angehende Ritter Yunica Tovah und der geplagte Magier Hugo Fact. Dies ist ihre Geschichte. Oder zumindest das, was ihnen in Erinnerung geblieben ist.